Bugünkü adıyla Galatasaray, tarihte ilk kez 1481 yılında Sultan II. Beyazıd tarafından Galata Sarayı adıyla bir Enderun okulu olarak kurulmuştur.
1838 yılında mevcut bina yeniden inşa edilmiş ve Galata Sarayı, Tıbbiye-i Şahane’ye dönüştürülmüştür. Öğretim dili Fransızca olan bu yüksek okuldan ilk Türk kadın ebeler ile sağlık alanında devlete hizmet veren kişiler yetişmiştir. Böylece sivil öğretim alanında batı bilimine yönelişin önemli bir adımı atılmıştır.
1868 yılında, Batı ülkelerini ilk ziyaret eden Osmanlı padişahı olan ve özellikle Fransa’daki öğretim kurumlarından etkilenen Sultan Abdülaziz’in emriyle bugünkü Galatasaray’ın üçüncü aşamasını oluşturan Galatasaray Mekteb-i Sultanisi hizmete açılmıştır.
Kuruluşundan itibaren bir devlet kurumu olan Galatasaray, Büyük Atatürk ve kadrosunun gerçekleştirdiği yeni devlet düzeniyle birlikte, 1924 yılından itibaren Galatasaray Lisesi adını almıştır ve o tarihten itibaren bir devlet lisesi statüsünde hizmet vermeye devam etmektedir.
Cumhurbaşkanı Turgut Özal, Haziran 1991 tarihinde Elysée Sarayı’nda François Mitterand ile yaptığı görüşmede konuyu gündeme getirmiştir. Bu amaçla Türkiye’yi ziyaret eden Fransa Cumhurbaşkanı Mitterand, 14 Nisan 1992'de Galatasaray Lisesi’ne gelerek, Cumhurbaşkanı Turgut Özal ile birlikte Türk Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin ve Fransız Dışişleri Bakanı Roland Dumas’nın imzaladığı Galatasaray Üniversitesi Kuruluş Belgesi imza töreninde hazır bulunmuştur.
Böylelikle Galatasaray Lisesi mezunlarının önderliğinde hazırlanan proje, uluslararası bir tören ve belgeyle hukuksal kimliğini almış ve Galatasaray Üniversitesi bir devlet üniversitesi olarak Türk eğitim sistemine kazandırılmıştır. Galatasaray Üniversitesi, kuruluşundan itibaren bir kamu tüzel kişiliği olarak devlet üniversitesi statüsündedir ve devlet başkanlarının katılımıyla kurulan ilk ve tek yükseköğretim kurumudur.
Galatasaray Üniversitesi Ortaköy kampüsü içinde yer alan saray yapıları ve çırağan caddesi üzerindeki tarihi taş duvarın restorasyon, güçlendirme, onarım iş ve işlemleri devam etmektedir.